La función de administrar justicia es ejercida por el juez, funcionario estatal muy importante por ser el ente decisor en aquellos procesos judiciales que involucran a agricultores y agricultoras, comuneros y comuneras, las comunidades y sus tierras.

El Observatorio realiza un seguimiento a las decisiones jurisdiccionales y a la aprobación de otros instrumentos normativos relacionados al acceso a la justicia en el marco de los derechos de las comunidades y agricultores familiares sobre sus tierras, así como a los estándares de relacionamiento entre la jurisdicción ordinaria y los sistemas de justicia campesinos e indígenas.